Em meados da década de 1840 surgiram às margens do Rio Mearim duas povoações: Paióis e Machado, duas localidades a aproximadamente 15 km de distância. O povoado dos Paióis foi fundado em 1844 e, dez anos depois, foi levado à categoria de freguesia de São Luís Gonzaga do Alto Mearim. O povoado Machado cresceu rapidamente, e ali se aglomeravam muitas famílias vindas de todas as regiões, eram principalmente fugitivos da Revolta da Balaiada ocorrida entre os anos 1838 a 1841.
Quatro anos após ser elevado à categoria de freguesia de São Luís Gonzaga do Alto Mearim, em 1858, "PAIÓIS" teve sua sede transferida para o povoado MACHADO e predomina com a denominação de VILA ou VILA DE MACHADO. Foi somente em 30 de dezembro de 1943, que a Vila de Machado ou VILA, como todos falavam, passou a categoria de cidade e com a denominação de IPIXUNA.
Com a denominação de Ipixuna em 1943, a população se revoltou e não aceitou este nome, o alvoroço e a indignação correram em toda a região, principalmente quando começaram a gozação e preconceito com todos os moradores da antiga Vila de Machado.
Após a denominação de Ipixuna, a cidade cresceu e prosperou, e muitos chegaram de todas as partes do país para aqui se instalar e construir família. E como as terras eram boas para cultivo de lavoura e criação de gado, grandes fazendas se destacaram na região na criação de bovinos, caprinos, suínos e produção agrícola, arroz, milho, feijão, mandioca e algodão, bem como a extração do coco babaçu.
Com a vinda de toda essa gente, foram surgindo grandes fazendas e usinas, criando-se assim a fábrica de algodão Aboud.
Na época, era comum que oligarquias dominassem o poder dos municípios. Em Ipixuna, não foi diferente, na cidade quem mandava eram as famílias Machado e Gomes.
Contudo, toda extensão de um lado do Rio Mearim era dominada politicamente pelo fazendeiro Gustavo Gomes. A outra extensão onde ficava a sede do município era dominada pelo fazendeiro Augusto Machado, que, além de possuir grandes fazendas, detém o poder político da cidade.
A cidade estava crescendo e se desenvolvendo, principalmente, na zona rural, pois as pessoas chegam à cidade à procura de trabalho e se instalam na zona rural do município para ficar morando. Com isso, a movimentação de suas embarcações subindo e descendo o rio era enorme, e movimentava a economia do município, pois produtos produzidos aqui eram transportados nas embarcações para as cidades vizinhas. As embarcações saíam do porto da empresa Aboud, carregadas de produtos como algodão, arroz, feijão, milho, e amêndoas do coco babaçu.
Com o passar do tempo, Ipixuna acumulou vários mistérios e lendas, e uma delas é sobre toco preto que, de vez em quando, aparece para os navegantes e pescadores no meio do rio. Também tinha a lenda do lobisomem que percorre a cidade e o interior nas noites de quinta-feira, após a meia noite, o lobisomem deixa um rastro de destruição por onde passa, matando animais e pondo medo em toda a população.
Existe também a lenda da ilha da pedra grande: consiste em uma pedra enorme tombada para dentro do rio, e quem a olha de longe tem impressão de que ela vai cair dentro do rio; ao seu redor o Rio Mearim forma uma ilha e diz a lenda que debaixo da pedra mora uma serpente que dorme o tempo todo, mas no dia em que ela acorda a pedra vai tombar e cair dentro do rio, e as água do Rio Mearim vão se agitar tanto que vai alagar todas as cidades rio abaixo.
Essas lendas fizeram a cidade crescer e prosperar, tendo como o comandante do poder político os coronéis da aristocracia rural.
Porém, algo intrigava a cidade, todos queriam mudar o nome Ipixuna, nome pelo qual nenhum morador se identificava. Com isso, várias manifestações foram feitas, e com crescimento dessas, Ipixuna foi se transformando em São Luís Gonzaga. O fato é que o nome Ipixuna perdeu fôlego, e cada vez mais o velho nome São Luís Gonzaga ganhava adesão entre a população.
Apesar do alvoroço do nome, ele foi crucial para o crescimento da cidade. Entretanto, o nome que deu Status à cidade não aguentou a pressão da população e no dia 14 de novembro de 1971, voltou a se chamar São Luiz Gonzaga.
Neste período, ele se fragmenta em três outras regiões: Pedreiras, por lei separatista n*1453; Bacabal,1920, pela lei separatista n* 932; e Lago do Junco,1961, por lei separatista n* 2151.
Anos depois, três atribuição de nomes surgiram e espalharam por toda a São Luiz Gonzaga: Terra dos Doutores, Terrinha e Terra do Cuxá".